| | | |


Bára Szarowská

Transkripční továrny v regulaci long-range interakcí embryonálních kmenových buněk

Náplní projektu bylo sledování long-range interakcí vybraných genů se zesilovačem genu POU5F1 (Oct4) u dvou linií lidských embryonálních kmenových buněk (CCTL12 a CCTL14) a u jedné linie indukovaných pluripotentníchkmenových buněk.Geny MSX1, RARG, CDYL a TLE2, interagující se zesilovačem genu POU5F1, byly vybrány na základě publikace Gaoet al.,Sci. Rep., 2013. Kolokalizace byly sledovány pomocí FISH metody (fluorescenční in situ hybridizace) a následná míra long-range interakcí byla analyzována v programu Acquiarium (CBIA, Masarykova Univerzita). Zjistili jsme, že popsané geny ve vyšší míře interagují s POU5F1 genem. Množství interakcí se statisticky neliší u porovnávaných buněčných linií.

Druhou částí projektu bylo objasnění role transkripčních továren v tomto procesu. Transkripční oblasti jsou specifické oblasti v jádrech buněk, kde dochází k výrazné akumulaci transkripčních faktorů, zejména pak RNA polymerázy II. Inhibicí komplexu RNA polymerázy II v době iniciace (inhibitor α-amanitin) nebo elongace transkripce (inhibitor juglon) jsme zjistili změnu v počtu sledovaných long-range interakcí způsobenou změnou aktivity RNA polymerázy II, čímž se dokazuje její podíl na stabilizaci long-range interakcí v oblastech transkripčních továren.

 


nahoru